A medida que se fueron viendo los resultados del esfuerzo, los directivos empezaron a realizar acciones importantes para el club, se adquirió la primera Sede Social y se integró a Santa Fe II, que fue inscrito en segunda división de la ADB donde comenzó la rivalidad con un equipo llamado Municipal (Que después cambiaría su nombre a Millonarios).
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En 1945 llega a Santa Fe Carlos Frank, respaldado por el Presidente de la Institución y respetado periodista Enrique Santos Castillo. Frank era un exportador de café con altas posibilidades económicas y literalmente sostuvo al equipo que no tenía grandes reservas económicas, porque si bien había sido fundado por personas de la nobleza bogotana, dichos fundadores eran apenas estudiantes que no contaban con grandes recursos. Frank murió en 1947 de causas desconocidas, pero es recordado por la familia Santafereña como un gran hombre, que honró los colores de la institución con una desinteresada y pulcra tarea sin ningún ánimo de lucro.
Ya en 1948, Independiente Santa Fe programó un partido amistoso contra un equipo peruano… y se produjo el Bogotazo del 9 de Abril, que afectó a miles de Bogotanos y estuvo a punto de marcar la disolución de Santa Fe. El equipo peruano se hospedaba en el Hotel Regina que fue consumido por las llamas, afortunadamente no hubo desgracias personales, pero el club tuvo que cubrir todos los gastos de los peruanos, quedando prácticamente en la ruina.
El 28 de Junio de 1948 se convocó a la reunión de integración de la Dimayor. La profesionalización del fútbol salvó a Independiente Santa Fe. Era para ese entonces el equipo más querido y respetado de la capital, entonces varios dirigentes con posibilidades económicas viendo que ahora el equipo podría jugar en todo el país decidieron invertir en Santa Fe para el Primer Campeonato Profesional Colombiano. El 15 de de Agosto de 1948 inició el torneo donde los dos grandes favoritos eran Junior de Barranquilla y Millonarios de Bogotá, en ningún pronóstico se incluía a Independiente Santa Fe.